Озеро Кравцово — один из самых древних водных объектов на территории Ставропольского края, сформировавшийся ещё в ледниковый период. Его геологическое происхождение до сих пор неясно. Существует мнение, что озеро могло быть одним из остатков древней реки Косякинской (предположительно, самой первой реки на Ставрополье). На это косвенно указывает форма северной части его котловины, напоминающая речную излучину.

На дне водоёма присутствуют торфяные отложения, возраст которых составляет приблизительно 10 тыс. лет. Несмотря на то, что озеру не было суждено стать торфяным месторождением сельскохозяйственного или промышленного значения, находящиеся в нём запасы торфа представляют научный интерес, поскольку изучение состава ископаемых спор и пыльцы в торфяных пластах позволяет определить, какая растительность окружала озеро-болото в различные периоды.

Наличие торфяных отложений способствовало формированию на поверхности водоёма так называемого плавучего острова. Последний представляет собой массив торфа, покрытый растительностью и скреплённый донными водорослями, которые служат дрейфующему «острову» своеобразным якорем. В 2014 году сильными порывами ветра торфяной «остров» был прибит к одному из берегов водоёма, где распался на четыре небольших фрагмента.